Zajedno s monsinjorima Hoserom i Cavallijem fra Marinko uveo je Međugorje u novu eru, a ona je započela upravo odlukom pape Franje da spomenutu dvojicu u svoje ime pošalje da upravljaju svetištem
Znao je mons. Aldo Cavalli, apostolski vizitator Međugorja, zašto je ostavio da posljednjem euharistijskom slavlju na ovogodišnjem Mladifestu u Međugorju, predsjeda dosadašnji međugorski župnik fra Marinko Šakota. Znao je, iskusni nadbiskup Cavalli, da će vrhunac Mladifesta biti upravo dugi pljesak fra Marinku Šakoti, koji nikako nije mogao stati i prestati odjekivati. Pa ga je i sam osobno zagrlio u znak zahvale za deset godina provedenih na čelu župe Međugorje. Time mu je, praktički, uime samoga pape Franje, čiji je predstavnik, odao priznanje za župničku službu koju je ondje više nego savjesno obavljao posljednjeg desetljeća.
Fra Marinko Šakota bit će u povijesti međugorskog fenomena sigurno upisan zlatnim slovima. S jedne strane i zbog brojki, jer je on jedini župnik koji je župom upravljao deset godina u kontinuitetu, pa je tako u 41. godinu Međugorja on sam zapasao jednu četvrtinu.
Nije to bila nimalo laka četvrtina. Sa svih strana šibano svih tih godina, nije bilo lako voditi Međugorje. Ni kao župu, niti kao svetište okrenuto hodočasnicima. No razlog za to nisu bili ni župljani ni hodočasnici, nego sve one sile izvana koje su se bile uprle da bi obezvrijedile Međugorje, čak zaprijetivši prije 7-8 godina da će ga posve zatvoriti i zatrti. Fra Marinko je upravo u to vrijeme bio za kormilom broda, kojega je oluja prijetila razbiti o stijene, no i tada se, kao i uvijek u međugorskom fenomenu u sva ova četiri desetljeća, pokazalo da što su kušnje i opasnosti veće, to se njima s većom lakoćom odolijeva. Odnosno, da kada se čini da je Međugorju kucnuo zadnji čas i njegovi neprijatelji unaprijed trljaju ruke, dogodi se čudo koje ga izvlači iz nevolja i daje mu novi polet i snagu za novo vrijeme.
Fra Marinko, zajedno s mons. Henrykom Hoserom i sada mons. Cavallijem, uveo je Međugorje u novu eru, a ona je započela upravo odlukom pape Franje da spomenutu dvojicu u svoje ime pošalje da upravljaju svetištem. Jer, kako je sam Papa rekao, učinio je to jer je prepoznao plodove Međugorja.
Jedan od tih plodova Međugorja i sam je fra Marinko Šakota. Kao dijete Brotnja, doma udaljena svega nekoliko kilometara od Međugorja, već je prvih dana, kao dječak, bio na Podbrdu zajedno s vidiocima i tisućama ljudi koji su pohrlili ondje, usprkos želji komunističkih vlasti da im zabrani pristup. Možda se upravo u tim ranim međugorskim danima i svojim dječačkim u njegovoj duši začela ideja da postane svećenikom, franjevcem.
No, ako to i nije bilo tada, onda se upravo u jednoj od najvećih kriza njegova života Međugorje pokazalo kao spasonosno. Naime, već završivši teologiju i praktički na prvim svećeničkim koracima, doživio je duboku krizu iz koje ga je legendarni međugorski fratar fra Slavko Barbarić izvukao riječima: “Otići na seminar molitve, posta i šutnje i onda donesi konačnu odluku”. Nakon toga seminara, nestali su svi tamni oblaci s obzorja i fra Marinko u svoj punini zakoračio je u redovničke vode. A fra Slavko Barbarić postao mu je istinskim duhovnim ocem i danas se fra Marinka Šakotu može gledati kao jednog od najizvrsnijih i najautentičnijih fra Slavkovih učenika.
Kakvi su to učenici, najbolje oslikava sam fra Marinko kada kaže kako je on cijeli život u Gospinoj školi. Odnosno, da je cijelo Međugorje Gospina škola i da svatko tko prođe kroz nju, temeljito mijenja svoj život. To je, ukratko, škola molitve i posta, usmjerenost prema sakramentima euharistije i ispovijedi, škola krunice, križnoga puta i klanjanja Isusu u Presvetom Oltarskom Sakramentu. Gospina škola, kako veli fra Marinko, uvijek vodi prema Isusu pa je i njegovo djelovanje u međugorskoj župi bilo uvijek kristocentrično i duboko prožeto kontemplativnim duhom, kojega Šakota posebno gaji.
U dugi međugorski pljesak na Mladifestu uklopio se i pozdrav novom međugorskom župniku, dosadašnjem mladome župnome vikaru fra Zvonimiru Pavičiću, koji će kao Šakotin dosadašnji bliski suradnik s lakoćom pohvatati sve potrebne konce u župi. A zacijelo pomrsiti račune onima, koji računaju na neki obračun s Međugorjem, upravo kao što su to činili i njegovi prethodnici, župnici i međugorski duhovnici koji se nisu dali ni zastrašiti, ni potkupiti, ni protjerati.
Ima razmišljanja koja vele kako je Šakotin duhovni kapital, kojega je stekao u Međugorju, mogao biti i dalje korišten na korist vjernika i hodočasnika, no on je, sukladno novim promjenama u Hercegovačkoj franjevačkoj provinciji, na putu negdje prema Zapadnoj Europi. Kojoj itekako treba udahnuti duh Međugorja i Gospine škole, pa su pred najdugovječnijim međugorskim župnikom zacijelo novi plodni dani.
