U napetom ozračju u veljači 1992. godine čekao se referendum o samostalnosti Bosne i Hercegovine koja je nakon osamostaljenja Hrvatske i Slovenije još uvijek bila dijelom Jugoslavije.
Interes medija bio je velik, a u intervjuu Večernjem listu 10. veljače 1992. godine Stjepan Mesić je kao bivši predsjednik Predsjedništva Jugoslavije kazao:
“Armijski vrh je počeo operacionalizirati agresiju na BiH. Rat je na vidiku i počet će u toj republici najdulje za dva mjeseca. Mi se nadamo da to svijet neće dopustiti i da će shvatiti da je Slobodan Milošević opasniji od Sadama Huseina i da će postupiti jednako kao što je tamo postupio. To je jedini način da se zaustavi rat”.
Mesić je nastavio s tvrdnjom da je BiH oduvijek bila strateški cilj velikosrpskog imperijalizma. Bivši predsjednik Predsjedništva SFRJ za Hrvate u BiH kazao je:
“Oni su na tim prostorima sustavno pretvarani u građane drugog reda. Oni su baš kao i vlast u Hrvatskoj zainteresirani za cjelovitu BiH, ali samo ako ona postane samostalna, suverena država. Hrvati iz Bosne nikada ne će u krnju Jugoslaviju, zapravo veliku Srbiju. Stoga je u njihovu interesu, baš kao i u interesu Muslimana da izađu na referendum i glasuju za samostalnu Herceg-Bosnu. Hrvatski narod zahtijeva samo dodatna jamstva da će ostati konstitutivni element te države i da će zadržati svoj zemljopisni prostor”.
Dvije godine kasnije, Stjepan Mesić doživio je politički zaokret te optužio hrvatskog predsjednika Franju Tuđmana da želi sa Slobodanom Miloševićem podijeliti Bosnu i Hercegovinu te je napustio Hrvatsku demokratsku zajednicu.